Mimo iż łagodna hiperbaryczna terapia tlenowa jest terapią bezpieczną, to z uwagi na to, że ciśnienie wewnątrz komory  jest podwyższone do 1,5 ATA, istnieją przeciwskazania do jej stosowania. Można je podzielić na przeciwskazania bezwzględne oraz względne.

Bezwzględne przeciwwskazania do tlenoterapii hiperbarycznej:

• rozsiana choroba nowotworowa
• niewyleczona odma płucna
• ciąża
• stosowanie niektórych leków  (np. leków cytotoksycznych czy odwykowych)

Względne przeciwskazania (wymagających konsultacji z lekarzem):

• rozedma płuc, astma oskrzelowa i przewlekła obturacyjna choroba płuc
• klaustrofobia
• niedawno przebyte operacje klatki piersiowej, zatok oraz ucha
• zapalenie nerwu wzrokowego
• padaczka
• ostra infekcja górnych dróg oddechowych
• wysoka gorączka
• nieleczona ciężka niewydolność serca
• astma
• rozrusznik serca
• przewlekłe zapalenie zatok

W razie wątpliwości, zalecana jest konsultacja z lekarzem.